Pondok Pesantren Sunan Geseng Desa Bongkot Purworejo memiliki program Tahfidz. Program ini bernama Rumah Tahfidz. Dalam mendukung kegiatan tersebut, PonPes Sunan Geseng menerapkan tata tertib bagi santri. Tata tertib Santri Rumah Tahfidz antara lain sebagai berikut:

1. Santri Mengikuti program harian yang ada dalam rumah tahfidz dengan baik dan tertib.

a. Shalat lail beserta doanya.
b. Shalat fardhu 5 (lima) waktu berjama’ah di masjid beserta wiridnya.
c. Shalat sunnah rawatib.
d. Muroja’ah.
e. Shalat dhuha.
f. Tidur siang
g. Tadarus setelah tidur siang.
h. Setoran hafalan.
i. Setoran binnadzor.
j. Kajian kitab atau madrasah diniyah.
k. Belajar pelajaran sekolah umum.
l. Istirahat dan bangun malam sesuai jadwal.

2. Patuh,taat dan hormat kepada para ustadz dan ustadzah yang ada.

3. Bertutur kata dan bertingkah laku yang baik dan sopan kepada siapa saja dan dimanapun berada.

4. Berpakaian rapi dan sopan yakni memakai baju Koko/Taqwa dan sarung/Celana panjang ketika sholat.

5. Berpakaian rapi dan sopan menutup aurat terutama saat pergi dan pulang dari masjid.

6. Setia kawan dan suka memaafkan.

7. Merapikan tempat tidur, pakaian, dan bukunya masing-masing setiap bangun tidur dan selesai belajar.

8. Menjaga, merawat dan menggunakan fasilitas yang ada, seperti : listrik, air, tempat tidur, meja belajar, dan lain-lain dengan baik dan tidak berlebihan.

9. Bagi santri yang melanggar tata tertib diatas dikenakan sanksi sesuai kesalahan yang dilakukan dan kebijaksanaan ustadz dan ustadzah (pengasuh).